Escasa es la documentación escrita del período musulmán en Moratalla; pero contamos con un legado fidedigno que atestigua su presencia, los topónimos: Benámor, Alhárabe, Benizar, Algaidón, Arrayán, Zacatín, Tazona, Mojarra, Mazuza, Otos, Zaén, Majarazán, Zoya, Inazares? Y, por otra parte, es de origen árabe el sistema de riegos y las acequias que conducen hacia la huerta las aguas de los ríos Alhárabe y Benámor. Respecto al Castillo-Fortaleza, probablemente, en su origen, el solar fuese asentamiento de un poblado neolítico; sobre él, construyeron los íberos la base y muros que luego servirían a los musulmanes para edificar la fortaleza. Sobre la obra musulmana, la Orden de Santiago restauró el Castillo que utilizaría como sede de la Encomienda a partir de 1246.
El período visigótico se nos muestra un tanto oscuro por la escasez de noticias y base documental. Apenas sabemos cómo se desarrollaría la última época romana y la transición. Al parecer, la ruina y desolación se adueñan de estas tierras, observándose un despoblamiento casi generalizado. El comienzo del dominio islámico resulta igualmente poco conocido. Una primera noticia la tenemos con el relato del historiador hispano-árabe al-Jatib (1313-1374), refiriéndose al suceso acaecido en 1147 en el que Ibn Hilal se subleva contra su primo Ibn Mardanix (rey taifa de Murcia que en las crónicas cristianas se le conoce con el nombre de Rey Lobo). Tras la invasión musulmana y periodo de conquista del suelo hispano, distintos grupos bereberes se distribuyen y asientan en territorio de Moratalla ocupando zonas dispersas: Mazuza, Priego, Benizar, Zaén, Bagil, Zacatín, Inazares, Benámor....
Estos grupos de comunidades campesinas estaban sujetos a la jurisdicción del Hisn de Muratalla que era el centro administrativo y militar de toda la comarca. Por su parte, el Hisn con su territorio estaba integrado en el Iqlin de Segura de la Sierra. Tras la batalla de Las Navas, el poderío de al-Andalus comienza a decaer. La Orden de Santiago, aprovechando la debilidad musulmana, llega a Segura de la Sierra y la conquista. El rey Fernando III, en Carta de Donación firmada en Burgos el 21 de agosto de 1242, concede Segura con todos sus términos a la Orden.
En 1245 se crea la Encomienda y Villa de Moratalla, segregándose de la jurisdicción de Segura de la Sierra, aunque la población mudéjar se sigue manteniendo al igual que la de Priego y Benizar, aldeas integradas en el territorio moratallero. Para favorecer el poblamiento, la Orden de Santiago otorgó privilegios y exenciones: en 1246 el Maestre Pelay Pérez Correa concedió a Moratalla el Fuero de Cuenca. Tras el proyecto repoblador y el reparto de tierras a los que llegan, muchas de ellas fueron abandonadas ante la inseguridad que suponía la cercana frontera con Granada. Las hostilidades entre moros y cristianos en los campos de Moratalla eran frecuentes; así, podemos reseñar: el Combate de la Matanza, en 1278; la Acción de Carreño, en 1393; el Combate del Bebedor, en 1410 y la Batalla de Cañada de la Cruz, en 1435. La población mudéjar había huido y los campos estaban prácticamente deshabitados; las gentes se refugian en el castillo, dentro del recinto amurallado de la Villa.
La inseguridad es evidente fuera del castillo debido a las incursiones de los moros granadinos, cada vez más frecuentes. Las sierras de Moratalla son escenario de algunas razzias, por lo que la situación es alarmante.
La pérdida de Huéscar, en 1324, complica las cosas ya que supone un acercamiento de las fronteras cristiana y musulmana. No obstante, con el transcurso de los años, la debilidad de Al-Andalus y las negociaciones de paz que se llevan a cabo en Granada -en las que interviene como mediador el comendador de Moratalla Diego de Soto por su conocimiento de la lengua y costumbres musulmanas- parece que las cosas van a mejorar. A ello contribuye también la reconquista definitiva de Huéscar en 1488, con lo que desaparece la frontera y con ello el reinicio de las roturaciones y labóres agrícolas y ganaderas en los campos.
En 1493, por bula de Inocencio VIII, el Maestrazgo de Santiago se incorpora a la Corona de Castilla, considerándose esta fecha como el final de la Edad Media en Moratalla.
