La columna de agua del Mar Menor está oxigenada y no se aprecian indicios de formación de capas anóxicas. El doctor en Ciencias Biológicas Javier Gilabert se muestra optimista con respecto al estado actual del Mar Menor. En el último informe del seguimiento del estado ecológico de la laguna, el catedrático de Ecología Ángel Pérez Ruzafa señala que el Mar Menor se encuentra en una situación caracterizada «por la respuesta progresiva de recuperación del ecosistema, pero con todas las amenazas aún presentes, materializadas en su baja salinidad y en la entrada continuada de aguas con alto contenido en nutrientes desde la cuenca de drenaje y el elevado nivel freático».
Con la entrada masiva de agua dulce, acompañada de nitrógeno, ha sido un caldo de cultivo perfecto para la proliferación de la ‘ova’ verde «pero los niveles de clorofila son más bajos de lo que cabría esperar», señala Gilabert. Pone como ejemplo la recuperación importante de la pradera de 'caulerpa prolifera', alga invasora que «demuestra que la vegetación está creciendo en el fondo por la absorción de nutrientes». A esto le añade el intercambio de agua, lo que en su conjunto ha originado una mayor transparencia y un agua «más limpia».
Ruzafa señala en su informe que en los próximos años se espera un aumento de la frecuencia de las lluvias torrenciales que «recargan el acuífero en las zonas más altas, presionando las bajas, y aumenta la escorrentía superficial donde el subsuelo está ya saturado y no retiene ya agua nueva».
