Un suelo acristalado a través del cual se pueden ver los restos de la antigua Mezquita Mayor de Murcia da la bienvenida al visitante al Museo de la Catedral. El templo catedralicio se levantó sobre ellos y la última reforma que se hizo los sacó a la luz como parte de la historia de la ciudad para que cualquier persona los pueda conocer. El Museo ocupa la sala capitular y parte del claustro antiguo del siglo XIV de la Catedral y en él se pueden conocer algunos de los mayores tesoros religiosos de Murcia, un espacio que viene funcionando desde 1947 y que fue objeto de una profunda remodelación en el año 2007, cuando ganó para los visitantes la planta alta en la que se ubicaban las viviendas de los sacerdotes.

Tras pasar sobre los restos de la mezquita y las viviendas musulmanas se accede al Museo en sí, donde el visitante puede ver la Campana Mora, que antaño resonaba para conjurar tormentas, riadas y plagas. Las piezas están divididas en dos conjuntos temáticos: planta baja y planta alta, donde se conservan las capillas más antiguas de la Catedral con restos de pinturas murales de época medieval. El director del Museo de la Catedral, Francisco Alegría, destaca que la colección permite comprender la propia evolución de la Catedral, ya que en sus paredes se ven perfectamente los estratos con piedra del siglo XIV, ladrillo del siglo XVII y el estucado del siglo XX.

En este caso, los visitantes pueden disfrutar de una gran colección de arte sacro, con retablos góticos de Bernabé de Módena, las pinturas renacentistas de Hernando de Llanos (seguidor de Leonardo da Vinci), cuadros de Lucas Jordán y esculturas del gran Francisco Salzillo como son San Jerónimo (que proviene del Monasterio de los Jerónimos de Guadalupe) y la Virgen de la Leche. Además de las pinturas el Museo cuenta con una imponente colección de orfebrería litúrgica donde sobresale la barroca Custodia del Corpus Christi y el Arca del Jueves Santo, una pieza destacada que se sigue usando cada año en Semana Santa.

En la planta baja se encuentran las tres capillas: la de Santa María de la Claustra, con dos retablos de Bernabé de Módena y pinturas mucho más antiguas que la actual Catedral; la segunda, conocida como capilla de Junterones o de San Miguel, cuenta con el sarcófago romano del siglo III en el que fue enterrado Gil Rodríguez de Junterón, sarcófago grabado en piedra que se trajo de Roma, donde trabajó a las órdenes del Papa Julio II; la tercera es la capilla de San Juan de la Claustra, donde el visitante puede disfrutar de la sillería del coro, donde se celebran aún las reuniones del Cabildo Catedralicio.

Los paramentos de piedra del museo, así como algunas bóvedas y arcos, albergaban elementos decorativos inéditos que han sido restaurados. Además, con la última remodelación se ganó la planta superior a la que se accede a través de unas escaleras cuyo suelo es de color verde, simulando el césped del exterior del claustro. Este espacio está abierto a las visitas, con un horario de 10.00 a 17.00 horas de martes a sábado y de 10.00 a 13.00 horas los domingos y festivos. El coste de la entrada general es de 3 euros, aunque hay una entrada reducida de 2 euros para estudiantes, pensionistas, desempleados y discapacitados, así como una entrada de 1 euros para niños de 4 a 6 años. Un rincón del templo en el que perderse.