Deseado Flores llegó al Real Murcia para poner todos sus conocimientos deportivos al servicio de la entidad grana. Y lo hacía, según afirmaba, de forma gratuita. El albaceteño no solo puso sus ojos en el primer equipo sino que también se autoencargó la confección del filial grana. «El Imperial es cosa mía», afirmó en las oficinas de Nueva Condomina, y es que el ya exresponsable murcianista tenía claro que no se podía seguir con «el mal trabajo» que se estaba haciendo en las bases.
Para ello sacó del club a Paco Jiménez, encargado de toda la cantera hasta la llegada de Moro; dejó en un rincón a Pedro Asensio, una de los técnicos que mejor conoce el fútbol regional y que acabó marchándose al Jumilla; e hizo limpieza en los banquillos con las salidas de Acciari, que dimitía al filtrarse la elección de Víctor Basadre como técnico del filial; Miguel Albiol, Raúl Campuzano, Óscar Sánchez y José Antonio Nicolás.
A partir de ahí, el propio Deseado Flores, José Carrilero, nombrado por Raúl Moro como responsable de las bases, y José Antonio García Franco, que regresaba pese a los desastres que llevan su firma en su etapa anterior en Nueva Condomina, se encargaron de manejar el cotarro, aunque todos tenían claro, según recuerdan desde las oficinas murcianistas, que el filial era cosa del albaceteño, quien también contó con la ayuda de Juanma Barroso.
Con su amigo Basadre en el banquillo, las restricciones económicas de años anteriores, donde los responsables de las bases apostaban por una política de abajo a arriba, dando prioridad a los jugadores formados en las categorías inferiores con el objetivo de confeccionar un filial casi con coste cero, Deseado Flores dejó claro pronto que había que elevar el caché, que había que cambiar todo lo anterior, y que la elástica del Imperial la deberían vestir jugadores destacados en toda España.
Con solo cinco futbolistas de la anterior temporada y olvidándose del buen trabajo que se venía haciendo en el juvenil, el Real Murcia hizo hasta quince fichajes, la mayoría foráneos. Entre las incorporaciones estaban Etxebe, que llegaba del Elche, Santa, del Rayo Vallecano, Lalo del Atlético B, Ángel del Albacete B, Luismi del Puerto Real, Maru del Sant Andreu y Pibe del Leganés B. No solo se elevaron notablemente los salarios sino que además el club también se comprometía a asumir los costes de los pisos en los que se alojaban los futbolistas. Poco importó a Deseado Flores la mala situación económica y la falta de liquidez, sin embargo en septiembre ya no había para pagar y los jugadores han acumulado hasta seis meses sin cobrar, pasándolo algunos de ellos muy mal en su estancia en la capital.
Todo ello ha hecho que el Real Murcia Imperial haya firmado una de las peores temporadas de su historia. De hecho, el filial de Flores y Basadre es el peor desde que la liga premia las victorias con tres puntos (1995-1996), tirando por tierra las palabras que el albaceteño pronunciaba el pasado verano y las múltiples críticas que lanzó sobre los responsables que anteriormente habían estado trabajando en las bases.
El Imperial ha cerrado la temporada del Grupo XIII de Tercera División con 45 puntos, solo tres puntos más que La Unión, que cierra los puestos de descenso. Hubo que esperar hasta la penúltima jornada para asegurar la categoría. Todo gracias a la remontada ante el Bala Azul, colista y descendido. Aunque los mazarroneros ganaban por 0-2 en la primera parte, finalmente el marcador acabó con 5-2 a favor de los granas, triunfo que les permitía romper una racha de trece jornadas consecutivas sin ganar, nueve derrotas y cuatro empates.
Desde que las victorias se premian con tres puntos, el Imperial no había tenido unos números tan desastrosos. Los 45 puntos sumados por el equipo diseñado por Deseado Flores empeoran incluso lo realizado por el filial en las dos últimas campañas que estuvo en Segunda B. En la 2008-2009, con Campos, primero, y Manolo Requena, después, se sumaron 65 puntos, quedándose a uno del play off de ascenso a Segunda. Un año después se hacían 51.
Con Deseado Flores fuera del club, José Carrilero será el encargado de confeccionar la nueva plantilla del Imperial. El murciano, que se desvincula completamente de Deseado Flores, aunque llegó de su mano y en ningún momento dimitió pese a sus diferencias, apareció curiosamente en la foto de la victoria del filial frente al Bala Azul, demostrando que ya es uno más del equipo de Víctor Gálvez. La primera decisión de los nuevos gestores granas en referencia al Imperial es despedir a Basadre y dar la alternativa a Javi Motos, que pasa del División de Honor al banquillo del filial.
