Nació en Portugalete, provincia de Vizcaya (España), el 9 de noviembre de 1930, donde realizó sus estudios primarios. Cursó el bachillerato en el Colegio de los Jesuitas de Tudela (Navarra).
A los 17 años, ingresó en el noviciado de la Compañía de Jesús en Loyola, Santuario y Centro de Estudios cercano a Azpeitia (Guipúzcoa).
En 1949 fue enviado a El Salvador al noviciado de Santa Tecla, donde realizó su primera profesión de votos.
En 1955 completó sus estudios de Humanidades y estudió Filosofía en Quito. Entre 1955 y 1958 ejerce de formador de seminaristas diocesanos en el Seminario de San José de la Montaña (San Salvador). Más tarde, estudió teología en Austria y en 1962 realizó un doctorado en la Universidad Complutense de Madrid.
En 1967 regresa a El Salvador para incorporarse a la Universidad Centro Americana (UCA) como profesor.
Desde 1968 hasta su muerte fue miembro de la "Junta de Directores" de la Universidad de la UCA.
En 1976 es nombrado director de la revista de Estudios Centroamericanos (ECA). La publicación del famoso editorial "A sus órdenes, mi capital", parece que ocasionó la retirada del apoyo económico del Gobierno salvadoreño a la UCA, provocando además una clara violencia paramilitar contra la Universidad.
Desde el 12 de marzo de 1977 todos los jesuitas son amenazados de muerte.
En 1979 se produce un Golpe de Estado de la Junta de Gobierno en El Salvador. Fracasa este intento y se desencadena una cruel violencia y guerra en el país.
Ellacuría denunció desde la UCA las condiciones de explotación y de miseria de la mayoría campesina del país, compromiso en el que coincidió con el arzobispo de San Salvador, Óscar Arnulfo Romero, que también fue asesinado mientras celebraba misa en 1980.
En 1986, sigue insistiendo en la necesidad de una salida negociada al conflicto civil de El Salvador.
El 16 de noviembre de 1989 fue asesinado por soldados salvadoreños del propio Ejército Nacional, en la residencia de la Universidad, junto con los jesuitas Ignacio Martín Bavó, Segundo Montes, Armando López, Juan Ramón Moreno, Joaquín López y López. Fueron también vilmente asesinadas Elba Julia Ramos, persona al servicio de la Residencia, y la hija de ésta, Celina, de 15 años. En la actualidad, el cuerpo de Ignacio Ellacuría yace enterrado en la capilla de la UCA.
