El Gobierno regional negó durante varios días la existencia de anoxia en el Mar Menor tras la aparición de miles de peces muertos en la orilla de varias playas de la laguna. Sin embargo, el Servicio de Pesca y Acuicultura, dependiente de la Comunidad Autónoma, publicó un informe al día siguiente de la mortandad masiva (17 de agosto) en el que se constataba que, según los datos recogidos en distintas estaciones de control, el Mar Menor presentó «bolsas de anoxia, más manifiestas en la cubeta sur, donde las estaciones de control son más profundas».

Ese mismo día, el 17, el consejero de Medio Ambiente, Antonio Luengo, indicó que "hemos identificado diferentes zonas en el Mar Menor, puntuales, donde el oxígeno es menor por lo tanto hay que estar vigilantes para ver cómo van evolucionano esas zonas y ver cómo afecta el viento". Aunque no se habló de anoxia.

No fue hasta el día 19 de agosto que la directora general del Mar Menor, Miriam Pérez, habló por primera vez de la posibilidad de que hubiera anoxia al solicitar a la Secretaría de Estado de Medio Ambiente un protocolo "para hacer frente a un posible episodio de anoxia en el Mar Menor".

Pesca confirmó que la falta de oxígeno afectó a especies de peces más sensibles por su estado de crecimiento, además de provocar el desplazamiento de otros ejemplares a zonas más oxigenadas, que también dio lugar a más mortandad al tratarse de aguas someras, lo que hizo que estuvieran más expuestos a la radiación solar».

Este informe contrasta con las declaraciones que realizó la portavoz del PP en la Región, Miriam Guardiola, ese mismo día. Esta puntualizó que «lo ocurrido no ha sido un caso de anoxia, sino una subida de la temperatura del mar por la ola de calor».