La Confederación Hidrográfica del Segura ha identificado 16 puntos flacos en la cuenca, en los que se centran los objetivos marcados para el periodo 2021-2027. La relación está encabezada por situación de los acuíferos, que debe alcanzar una explotación sostenible, seguida de la contaminación por nitratos. A continuación aparecen la sostenibilidad de los regadíos del Trasvase, la mejora del Mar Menor y la implantación efectiva de los regímenes de caudales ecológico de la cuenca.