El caso abierto para investigar la degradación del ecosistema marino del Mar Menor ha tenido varios cambios en cuanto a su instrucción desde que el juzgado aceptó abrir diligencias. La entonces titular del número 2 de Murcia, Miriam Marín, decidió dividir en tres piezas la macrocausa por un presunto delito contra los recursos naturales y el medio ambiente en la laguna salada. Un caso en el que además de la Fiscalía figura, como acusación particular, Ecologistas en Acción.

El juez que ha sustituido a Marín, Angel Garrote, dejó en septiembre del año pasado sin efecto el desglose y testimonio de la causa para conocer por separado los supuestos delitos que se imputan a los funcionarios de la Consejería de Agua, Agricultura y Medio Ambiente, a los de la CHS, a 24 agricultores y a la empresa INSAL; y la inhibición para el conocimiento de estos delitos mediambientales a los Juzgados de Cartagena y San Javier, manteniendo la unidad de toda la causa. El juez argumentaba que separarla «puede impedir la correcta investigación, calificación y, en su caso, enjuiciamiento de las conductas que se imputan».