La carrera de Pérez Pujol al frente del IML ha estado plagada de éxitos profesionales. El reconocimiento a su labor le llevó a ser designado por la ONU como perito forense en Kosovo -donde también tuvo problemas por cuestionar la existencia de fosas comunes- y en Ruanda. Además, participó en las autopsias practicadas a los seis militares españoles fallecidos en un atentado en Líbano en junio del año 2007.
