La documentación del Archivo Naval de Cartagena está organizada en dos secciones, la Histórica (del siglo XVII a 1920) y la Contemporánea (siglo XX, aunque algunas series contienen documentos del XIX). La sección Histórica está compuesta básicamente por los documentos generados por la antigua Contaduría Principal de Marina del Departamento de Cartagena, con un volumen de alrededor de 3.000 legajos, por los Libros de Galeras y por el Fondo de la Junta Económica con una producción documental que abarca desde sus orígenes, en 1772, hasta 1905. El Archivo cuenta también con una colección de más de 8.000 cartas náuticas españolas y unas 3.500 cartas de distintos países, desde el siglo XVIII hasta hoy. El conjunto se completa con una colección de derroteros españoles y extranjeros, libros de navegación, astronomía, faros, almanaques náuticos, etc.
