La historia de este tradicional sorteo se remonta a 1941, cuando el entonces director general de Timbre y Monopolios, F. Roldán, lo institucionalizó. Tras el éxito del primer sorteo, se decidió al año siguiente, 1942, transformarlo en Sorteo Extraordinario. El año 1999 fue el primero en que se celebró el Sorteo el día 6 en lugar del 5 de enero.

En 1941 el Sorteo constaba de 4 series de 42.000 billetes cada una, a 150 pesetas el billete, dividido en décimos de 15 pesetas. Aquel año se vendieron un total de 166.668 billetes con una recaudación de 25.230.000 pesetas que reportaron un beneficio de 7.700.300 pesetas al Estado. En 1941, el número agraciado con el primer premio fue el 23.594, el cual recayó en Sevilla.

Por otro lado, en 1942, el Primer Sorteo Extraordinario del año, contaba con 3 series de 56.000 billetes cada una, a 250 pesetas el billete, divididos en décimos, de 25 pesetas. De este modo, los números y poblaciones agraciadas con los tres primeros premios fueron: un Primer Premio de 2.000.000 de pesetas al 52.434 en Murcia; Segundo Premio de 1.000.000 de pesetas al 27.541 en Getafe (Madrid), Bilbao y Albacete; y un Tercer Premio de 750.000 pesetas al 35.285 en Arucas (Las Palmas), Valdepeñas (Ciudad Real) y Valencia.

A partir de 1964, Lotería Nacional recuerda que comenzó la celebración de sorteos fuera de su sede habitual en Madrid, al celebrarse en San Sebastián. Desde entonces, ya son 388 los sorteos celebrados fuera del Salón de Sorteos de Loterías y Apuestas del Estado, habiendo sido visitadas prácticamente todas las provincias españolas, según señala SELAE.

En este sentido, destaca que en el año 2012, el Sorteo Extraordinario de 'El Niño' se celebró en Cádiz, en conmemoración del segundo centenario de la Constitución de Cádiz de 1812 'La Pepa' y del bicentenario del nacimiento de la Lotería Nacional.