La exposición permanente del Arqua invita al visitante a sumergirse en el patrimonio cultural subacuático y a realizar una travesía por la historia desde el Mare Hibericum. Para ello, el centro emplea medios audiovisuales, escenografías y materiales interactivos que facilitan el conocimiento a través de la experimentación. El centro cuenta con dos espacios específicos: uno dedicado a la construcción naval y la navegación, y otro a los pecios y puertos del Mediterráneo.
Para la conservación de fondos dispone de 1.000 metros cuadrados, con un gran anforario y un gabinete para colecciones de reservas no expuestas.
