­El Museo de San Javier fue inaugurado en marzo de 1996 en el edificio de la antigua Casa Cuartel de la Guardia Civil, que fue restaurado para ese fin. Su puesta en marcha se realizó con la apertura de una interesante Sala Etnológica integrada por secciones dedicadas a la tierra, el mar y el aire, a las que más tarde se unirían otros espacios de exposición. Así, en junio de aquel mismo año, la concejalía de Cultura, volcada en la recuperación de la memoria histórica local, decidió inaugurar el Museo del Belén de España con el objeto de mostrar escenas del Nacimiento de Jesús, junto a otras de carácter costumbrista típicas de la huerta y el campo murcianos.

Este Belén se puede ver todo el año en el centro museístico, excepto en Navidad, época en que exhibe sus espectaculares figuras en la plaza de España de San Javier, sobre una superficie de 600 metros cuadrados.

En mayo de 1999, y tras unas nuevas obras de rehabilitación del edificio, el Museo volvió a abrir sus dependencias al completo. El inmueble consta de dos plantas levantadas en torno a un patio central en el que se exhibe una avioneta militar. A la derecha de dicho espacio se ubican la dirección y la sala etnológica, y a la izquierda, la sala del Belén.

Las dependencias dedicadas a la etnología proyectan la historia de San Javier a través de su vinculación a la tierra, el mar y el aire. Con esta filosofía se exponen aperos de labranza tradicionales, de trabajo del esparto y aparejos de animales, así como utensilios relacionados con la pesca, maquetas de encañizadas y una fotografía aérea de La Manga tomada en 1965. Además, la visita a esta sala acerca al público a la historia de la Academia General del Aire, una institución militar estrechamente ligada a San Javier.

La parte superior de las instalaciones está siendo acondicionada desde finales de 2010 con el objetivo de suprimir la antigua sala del reportero y crear un espacio dedicado a la actividad cultural. La nueva filosofía del museo de San Javier consiste en dinamizar el espacio para que en todo momento el centro sea un lugar de encuentro cultural abierto a todo el mundo.