El Ministerio Fiscal, en su calificación final, reprocha a las administraciones, sobre todo, a los ayuntamientos de Murcia y de Alcantarilla su nula actuación a la hora de depurar las aguas residuales. Así, el fiscal indica que «los ayuntamientos de Murcia y Alcantarilla, aunque según la normativa nacional y comunitaria tiene un plazo que expira el 31 de diciembre de 2000, para aplicar a sus aguas residuales un tratamiento depurativo secundario biológico, ello no supone que antes de esos vencimientos esté permitido realizar toda clase de vertidos a los cauces públicos ni que todos los vertidos contaminantes que se realicen sean correctos, ni que estén exentos de cumplir con los límites permitidos, estando obligados siempre a instalar los oportunos sistemas de tratamiento depurativo al menos primario o físico-químico, lo cual han omitido». En sus consideraciones, el Ministerio Público destaca que «desde principios de la década de los 90, el río Segura a su paso por el partido judicial de Murcia ha venido siendo objeto de una degradación progresiva debido a la gran cantidad de contaminantes, tanto orgánicos como industriales, haciéndole perder las características propias de haber sido considerado desde siempre como un ecosistema fluvial de gran valor en flora y fauna, destinándose también para el baño y para el riego de la huerta, valor que sigue teniéndolo en sus tramos altos». La Fiscalía añade: «Pero ha sido a partir de la segunda mitad de la citada década cuando tal degradación se ha visto aumentada, viéndose reflejada en fétidos olores, coloración grisácea y negra, con continuas espumas, lo que le ha llevado ser considerado el río más contaminado de Europa en toda la Vega Baja».
