La guerra civil dio al traste con muchas cosas y entre ellas la música, la actividad estudiantil y por supuesto la Tuna, que no retomó su actividad hasta junio de 1939. La Internacional fue sustituida por el Himno Nacional, en lugar de estar encuadrada en el FUE, se hizo franquista y quedó integrada en el SEU y, como las golondrinas de la poesía de Gustavo Adolfo Bécquer, regresaron también las madrinas, pero en esta etapa su elección no quedó constreñida al ámbito capitalino, sino que se las elegía de entre las familias acomodadas de las localidades que se visitaba; así las hubo de Lorca, Abanilla, Totana, Espinardo, Blanca, Elche u Orihuela...

Hasta ahí las diferencias, porque lo esencial en la Tuna no cambió con el régimen: los viajes continuos, la alegría de sus jóvenes integrantes, sus fines solidarios y altruistas permaneció como seña y marchamo de identidad y autenticidad. Especialmente viajero resultó el mes de enero de 1951 durante el que se visitó Albacete, Córdoba, Sevilla, Tetuán y hasta Gibraltar donde dieron un 'do' de pecho en plan patriótico. Por cierto que esta expedición murciana de reconquista territorial fue dirigida por un catalán (Jordi Pujol) y 33 murcianos que interpretan pasodobles, jotas y La Parranda. En 1952, se produce una importante reorganización. También es el momento en el que comienza a actuar en la radio y a dar serenatas en colegios mayores femeninos. Cartagena fundó su propia tuna universitaria al año siguiente (1953): una réplica exacta de la murciana en cuanto a funcionamiento y objetivos. Contra lo que pueda suponerse, no se llevaron mal, más bien al contrario, incluso llegaron a viajar juntas en Madrid en 1954 para participar en el Concurso Nacional de Tunas y juntas regresaron recorriendo los pueblos de La Mancha; hasta llegaron a nombrar a la misma madrina en años diferentes. La agraciada fue Loli Soler, que ostentó el galardón en Murcia durante 1952 y en Cartagena en 1959. La década de los años 70 fue especialmente fructífera para la Tuna murciana, su proyección hacia el exterior la llevó incluso a La Sorbona, en París, en 1962. Dos años más tarde se eligió por primera vez madrina infantil y en 1966 la Tuna dio paso a las Tunas. Eran tantos los estudiantes que querían integrar sus filas, que fueron varias las Facultades que se animaron a ir fundando tuna propia: Filosofía, Derecho, Magisterio, Ciencias... y en 1970 se sumó Medicina. Con el paso de los años, los tunos iban terminando sus estudios y con ellos abandonaban la vida universitaria y la propia Tuna. Atrás, en los anales de su historia quedaron inscritos los nombres de algunos de aquellos pioneros, como: José María López Mirete, Camilo Agra, Pascual de Riquelme, Miguel Iniesta, Rafael Rosique, Manolo Díaz Cano, Paco García Ruiz, Ángel Pérez Muelas, Alfonso Ureña, Antonio Agrás, Adolfo Fernández, José María Pérez Hervás, Carlos González Vidal, Joaquín Ruiz Alemán, etc., por no hablar de los Presidentes de Honor o de las Madrinas. Como colofón diremos que en 1987 nacía el Certamen de Tunas.