El Ejecutivo comunitario critica que las obras se hayan subdividido en cinco proyectos distintos y que la evaluación de impacto "no se ha hecho sobre el conjunto de los subproyectos" de manera global, tal y como exige la legislación europea, "sino sólo sobre cuatro de ellos".
Asimismo, al decidir sobre el emplazamiento de las obras, las autoridades competentes "no han tenido en cuenta suficientemente los efectos de éstas en los parajes naturales circundantes, en especial en las aves y especies animales de la zona denominada ´Encinares del río Alberche y río Cofio´, que incluye espacios protegidos de conformidad con la legislación comunitaria de conservación de la naturaleza´.
La Comisión insiste en que la autorización de este proyecto "conlleva un riesgo grave de alteración de las características ecológicas de los lugares, con el resultado de la fragmentación de los hábitats y la desaparición de especies prioritarias presentes en ellos".
La apertura del expediente tiene la forma de una carta de emplazamiento, primera fase de un procedimiento de infracción. De manera excepcional, Bruselas da a las autoridades competentes un plazo de sólo un mes para dar respuesta a sus preocupaciones, cuando lo normal es conceder dos meses. Si la Comunidad de Madrid no actúa, el caso podría acabar ante el Tribunal de Justicia de la UE.
La investigación de Bruselas sobre la M-501 se inició a raíz de las quejas presentadas por las organizaciones ecologistas y de la pregunta parlamentaria presentada por el eurodiputado de Izquierda Unida Willy Meyer.
En su interpelación, Meyer denunció que "el Gobierno regional no ha publicado los detalles del proyecto" y advirtió de que "la ampliación de la carretera tendrá un impacto negativo en la fauna de la zona", donde aseguró que viven especies protegidas o en peligro de extinción como el lince ibérico o el águila imperial ibérica.
