Las nuevas conexiones propuestas desde el Duero y el Ebro medio afectan a espacios naturales protegidos. Por ejemplo, el trazado propuesto desde el Pisuerga y Adaja (Duero) discurre por el LIC y ZEPA de los Altos de Barahona, a lo largo de 24 kilómetros. Es difícil de evitar pero se puede minimizar según el tipo de construcción elegida. La opción del Ebro medio (197 kilómetros, de los cuales 56 van por tubería, 59 en canal abierto y 82 en túnel), la traza pasa en su mayoría por espacios protegidos; pero no son impactos críticos, según los técnicos, y sólo se producirían durante la construcción de las tuberías o el túnel.
