Un juez ordenó a finales del 2009 que Hacienda investigara la contabilidad de la UCAM. El propio José Luis Mendoza tuvo que declarar por la investigación sobre presuntas irregularidades en torno al entramado de sociedades registradas a nombre de familiares y que prestan servicios a la Universidad. Fuentes del caso explicaron a La Opinión que resulta complicado diferenciar entre el patrimonio de Mendoza, el de sus familiares y el de Fundación San Antonio.
