La población regional de ciprés cartagenero se estima en 8.455 árboles individuales, repartidos en 557 hectáreas. A pesar de la protección de su hábitat, un incendio forestal ocurrido en 2011 afectó al 59 % de su superficie. Su estado de conservación en la Región se encontraba muy debilitado, situación a la que se está poniendo remedio gracias al desarollo del Proyecto Life. Actualmente casi toda su área de distribución se incluye en la Red Natura 2000.
